科學(xué)是由于社會實踐的需要而產(chǎn)生與發(fā)展起來的。古代人們與疾病流行作斗爭中，逐漸積累起對疾病流行的認識并試圖加以解釋。從古代起，傳染病與非傳染病都可有大規(guī)模的發(fā)生，但傳染病的流行危害更大，所以觀察較多的是傳染病的流行。
中國古代殷墟甲骨文（距今3000多年前)已有“蟲”、“蠱”、“瘧疾”及滅蟲的記載。至遲至2300余年,中國的《史記》已用“疫”、“大疫”表示疾病的流行。當時西方的Hippocrates用“流行病”表示疾病流行。這些也許可以認為是流行病學(xué)的“萌芽”。
此后，疾病流行頻繁，特別是在饑荒、戰(zhàn)爭之后。從《史記》（公元前369年)起到明朝末年（1647年)，僅正史即記載95次大流行，238年有流行或大流行。西方也有多次影響重大的大流行，如公元前4世紀的Thycydides瘟疫、汝斯丁鼠疫；14世紀埃及鼠疫流行使該國1/4人口死亡。
在長期疾病流行作斗爭時，積累起對疾病流行的認識。人們開始推測是什么病原引起流行性疾病。中國古代認為“蟲”（如認為肺結(jié)核是“癆蟲”引起，疥是疥蟲引起的)、“戾氣”“癘氣”、（公元217年)、“風(fēng)”等等。西方Fracastoro(1546年)發(fā)表了《傳染物》一書，但直到19世紀中葉，活的傳染物的學(xué)說才在西方得到廣泛承認。
隨著對傳染病不斷流行的觀察，認識逐漸深入，如描述“戾氣”的傳播方式和流行的分布等（吳又可《瘟疫論》，1642年)。人們還注意到動物病與人病的關(guān)系，如狂犬病、鼠疫等。師道南在《天愚集.鼠死行》（1736年)有生動地描述：“東死鼠，西死鼠，人見死鼠如見虎，鼠死不幾日，人死如圻堵。晝死人，莫問數(shù)，日色慘淡愁云護，三人行，未十步，忽死兩人橫截路�！彼延X察到人間鼠疫與鼠死有關(guān)。印度的書籍中也有人間鼠疫與鼠死關(guān)系的記載。
當人們認識到傳染病可以傳播后，就開始采取措施，先是對麻風(fēng)病人隔離（《圣經(jīng)》已有記載，唐代設(shè)癘人坊)，晉（《晉書.王彪之傳》，356年)記載“朝臣家有時疫，染易三人以上者，身雖無疾，百日不得入宮�！�15世紀中意大利威尼斯規(guī)定外來船舶需在海港停留40天，進行檢疫（quarantine)。
葛洪《肘后備急方》（342年)中記載用瘋狗腦敷被咬處以預(yù)防狂犬病。在宋真宗時（公元998～1022年)已用種人痘術(shù)預(yù)防天花，至遲16世紀下半葉已有種人痘的確實記載，18世紀20年代種人痘術(shù)已傳至土耳其、歐洲。18世紀末英國醫(yī)生Jenner發(fā)明接種牛痘預(yù)防天花。
人們還記載了許多預(yù)防污染病的方法，以現(xiàn)在知識水平來判斷，有許多可喜的成就，但也有不少無效（如紫草根預(yù)防麻疹)或錯誤的記載，在當時科學(xué)水平這些無效或錯誤的記載是不足為奇的。
古代對于非傳染病也有一些記載。我國早就注意到禿發(fā)、甲狀腺腫，身體發(fā)育勻稱與水質(zhì)的關(guān)系(《呂氏春秋》，約公元前2～3世紀)，氟斑牙與地區(qū)的關(guān)系（《養(yǎng)生學(xué)》，232～262年)，腳氣�。╞eriberi)與久食精白米的關(guān)系（公元2世紀)。西方Hippocrates的著作中注重了疾病與地勢、氣流狀態(tài)、日照等等的關(guān)系。
16～18世紀（相當我國明朝中葉到清朝中葉)歐洲進入資本主義發(fā)展時期（文藝復(fù)興)，科學(xué)迅速發(fā)展。Pasteur、Koch、MeЧникоB奠定與發(fā)展了微生物學(xué)與免疫學(xué)，對于傳染病的流行病學(xué)起了促進作用。隨著統(tǒng)計學(xué)的發(fā)展，許多統(tǒng)計方法被引入流行病學(xué)。流行病學(xué)除了應(yīng)用直接觀察法外，還開始應(yīng)用對比分析法。在此時期西方開始創(chuàng)建有關(guān)流行病學(xué)學(xué)術(shù)組織及出版刊物。我國在該時期有關(guān)流行病學(xué)的記載可見于《瘟疫論》（吳又可，1642年)、《醫(yī)通》（張璐，1695年)、《治疫全書》（熊立品，1777年)、《避疫說》（吳子存，1891年)等書。
19世紀末20世紀初，流行病學(xué)有了飛速的發(fā)展。John Snow對倫敦霍亂的分析是流行病學(xué)發(fā)展史中重要的一頁，有人將其工作認為現(xiàn)在流行病學(xué)的開始。19世紀中葉倫敦流行霍亂。Snow研究分析了倫敦不同地區(qū)霍亂死亡人數(shù)，發(fā)現(xiàn)由兩個不同的供水公司供水區(qū)霍亂死亡率相差懸殊，見表1-1。死亡率高的公司供應(yīng)的水質(zhì)不如另外的公司。倫敦寬街霍亂死亡病例標點地圖表明死亡病人均為寬街水井供水居民，并發(fā)現(xiàn)該水井被附近一下水道所污染。根據(jù)這些發(fā)現(xiàn)，Snow提出霍亂病原存在于腸道，隨糞便排出污染飲水，人喝被污染的水而被感染發(fā)病。其后30年才從糞便中分離到霍亂弧菌。
表1-1 1854年7月8日至8月26日倫敦兩個供水公司供水區(qū)的霍亂死亡人數(shù)
| 供水公司 | 人口數(shù) | 霍亂死亡人數(shù) | 霍亂死亡率（‰) |
| Southwark | 167654 | 644 | 5.0 |
| Lambeth | 19133 | 16 | 0.9 |
我國近代流行病學(xué)可以認為始于伍連德（1877～1960年)。他對鼠疫、霍亂均有專著，確定旱獺為鼠疫的傳染源之一。1910～1911年發(fā)生在我國東北的鼠疫流行，經(jīng)調(diào)查研究伍連德證實為肺鼠疫流行。
20世紀中葉Stallybrass和громащевский形成了系統(tǒng)的有關(guān)傳染病流行病學(xué)的理論，并有專著出版。隨著病毒學(xué)的發(fā)展，新發(fā)現(xiàn)了許多病毒學(xué)傳染病，于20世紀80年代發(fā)現(xiàn)了艾滋病（AIDS)。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，形成分子流行病學(xué)的分支。在傳染病防治方面取得了全球消滅天花的輝煌成就。目前正在進行消滅龍線蟲病（dracunculiasis)及脊髓灰質(zhì)炎的戰(zhàn)斗。
